Il cotto è un materiale con un’alta porosità: questo significa che assorbe facilmente le macchie. Lo sporco causato da bevande acide, olio, grasso o caffè è un vero nemico del cotto. Per evitare che le superfici in cotto si danneggino è necessario provvedere ad un trattamento antimacchia subito dopo la posa e ad una accurata manutenzione negli anni successivi. Per diminuire questa porosità si utilizzano delle emulsioni che formano una pellicola in grado di impedire l’ assorbimento delle macchie. Le macchie che possono comparire sul cotto possono essere scure o bianche: la prime sono causate dall’interazione tra umidità e prodotti  per la pulizia, le seconde dal cattivo risciacquo delle cera. Sono un esempio macchie di difficile pulizia le efflorescenze saline. Queste macchie sono causate dall’umidità, che riporta in superficie i sali contenuti nel mattone, e rappresentano una delle cause del cattivo aspetto della superficie in cotto (un pavimento o un muro, soprattutto esterni): la rendono più grigia e “spenta”. Per eliminare e prevenire la ricomparsa di queste efflorescenze occorre un lavaggio acido e l’ applicazione di un idrorepellente. Se il pavimento è nuovo, il metodo migliore resta la prevenzione: subito dopo la posa devono essere dei professionisti ad eseguire un lavaggio che elimini residui di calce e le efflorescenze.